深海棲艦と呼ばれる人類の天敵が出現して数十年。奴らの猛威は留まるところを知らず。艦娘という戦力を手にした人類側も、圧倒的な物量の前に己の居住区を守るだけの戦力しか残ってはいなかった。
　前提督の沈みしリンガ泊地。提督を失い、仲間の多くを喪い失墜に暮れる艦娘達の前に新たな人物が現れる。彗星の如く期待を寄せて本部より着任したのは一人の老人であった。